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| 順位 | チーム | 試合数 | 勝数 | 敗数 | 勝点 | 得点 | 失点 | 得失点差 |
| 1 | ロッソ熊本 | 18 | 15 | 3 | 47 | 45 | 11 | 34 |
| 2 | ＦＣ琉球 | 18 | 14 | 4 | 42 | 51 | 12 | 39 |
| 3 | Ｖ・ファーレン長崎 | 18 | 13 | 5 | 37 | 41 | 23 | 18 |
| 4 | 新日鉄大分 | 18 | 12 | 6 | 34 | 40 | 21 | 19 |
| 5 | ヴォルカ鹿児島 | 18 | 11 | 7 | 33 | 49 | 26 | 23 |
| 6 | ニューウェーブ北九州 | 18 | 10 | 8 | 33 | 51 | 30 | 21 |
| 7 | 海邦銀行 | 18 | 6 | 12 | 18 | 18 | 37 | -19 |
| 8 | 沖縄かりゆし | 18 | 4 | 14 | 13 | 18 | 48 | -30 |
| 9 | 三菱重工長崎 | 18 | 4 | 14 | 10 | 14 | 55 | -41 |
| 10 | サン宮崎 | 18 | 1 | 17 | 3 | 16 | 80 | -64 |